弥生時代後期に属し、1世紀ごろの集落と推定される、農耕を示す水田の発見で全国的に知られる遺跡。
安倍川等の氾濫で埋没し、クワ、スキ、田下駄などの農具や各種什器類がほぼ完全な形で出土しています。高床式倉庫や水路、水田、生活用具、農漁業用具、狩猟具、火起こしの道具、占いに用いた骨など多数出土しており、当時の生活解明に大きく寄与しました。
復元された竪穴式住居や穀物を貯蔵する高床式倉庫、祭殿、水田跡が史跡公園として解放されています。
また、遺跡に隣接して「静岡市立登呂博物館」があり、１階は参加体験型展示、２階は登呂遺跡の発掘記録や出土品の展示がなされています。