757年（天平宝字元）神託により万巻上人が現在の地に里宮として創建。僧・俗・女の三体の神を箱根三所権現として祀ったと伝えられます。鎌倉時代に入ると、源頼朝をはじめ鎌倉幕府要人から敬われ、その名を高めていきました。
現在も木造万巻上人坐像（国重文）をはじめ秀れた社宝が数多く残されています。交通安全・心願成就・開運厄除など、運開きの神様として信仰されています。
箱根神社の中心に位置し、箱根の中心で構える本殿は朱塗りの権現造。縁結びとして人気の高い九頭龍神社、曽我神社、恵比寿社などの摂末社も祀られています。宝物殿では、万巻上人坐像や鉄湯釜、浴堂釜、箱根権現縁起絵巻などを常設展示しています。
神奈川県の名木100選にも指定され、正参堂の正面に雄大にそびえる「矢立杉」、箱根神社御神殿の東側に位置する、安産や子孫繁栄を祈る子授けの神木「安産杉」もあります。
芦ノ湖、老杉並木、6月下～7月下旬に可憐な花を咲かせる天然記念物のヒメシャラの純林等、豊かな自然に囲まれています。800年を越す杉並木が続く参道は、とても神聖な雰囲気。
箱根神社の正参道の石段をまっすぐ降りたところに大きな朱色の鳥居「平和の鳥居」が、芦ノ湖水面に優雅に浮かんでいます。