戦国時代を代表する武将のひとり、北条氏の初代・小田原城主の北條早雲（1432～1519）の遺命により建立された臨済宗大徳寺派の古刹です。小田原北條家二代の北條氏綱（うじつな）が大永元年（1521年）箱根湯本に創建。小田原北條家歴代の菩提所であり、臨済宗大徳寺派の山号は金湯山。本尊は釈迦如来。
箱根湯本の町は、もともと早雲寺の門前町として始まったと言われています。1590年（天正18年）、豊臣秀吉の小田原征伐において一時的に秀吉軍の本営が置かれるが、石垣山城が完成すると当寺を含む一帯は焼き払われ消失。
1627年（寛永4年）僧侶・菊径宗存により再興されました。1648年（慶安元年）、3代将軍徳川家光から朱印状を与えられ復興しました。
山門の左側の鐘楼に大きな古い梵鐘があり、これは豊臣秀吉が北條氏を攻めて小田原に押し寄せたとき、石垣山の一夜城に使われたといわれています。
境内には後北条五代の墓や、連歌師の飯尾宗祇の句碑があります。鎌倉期の禅院様式をくんだ枯山水庭園は、戦国時代を代表する文化人として名高かった北条長綱（幻庵：早雲の三男）の作と言われています。
裏手には常緑広葉樹林が自然林の形で残っており、初夏には箱根町指定天然記念物ヒメハルゼミ（神奈川県下ではここ早雲寺林にしか生息しない）の大合唱を聞くことができます。
中門の近くにあるしだれ桜の木は例年、3月末に満開になります。
国の重要文化財の織物張文台及硯箱、北条早雲肖像画、県指定文化財の北条氏綱・氏康らの肖像画など寺宝が保存されおり、11月上旬に3日間に公開されます。