富士山の爆発とともにできた溶岩洞窟のひとつで、総延長409メートルと規模も富士山麓では最大級。
約１万年前の三島溶岩流によってでき、富士山では最古の溶岩洞窟です。入口部分は天井まで20メートルもある広々としたホール状。
内部は本穴と枝穴に分かれ、本穴は長さ291メートル、枝穴は110メートルもあります。内壁は凹凸し、天井から垂れ下がる無数の熔岩鍾乳石、肋骨を思わせる溶岩流の跡や、千畳敷広場など見ることができます。
照明が整っているので安心して見学できます。洞内の温度は年間通して13度。目が退化した昆虫が棲息しています。国指定の天然記念物。
駒門風穴入り口脇には富士山の伏流水が湧き出ていて、飲むことができます。